Mit dem Winterschnitt der Obstbäume lässt sich auch Vorsorge treffen gegen eventuellen Befall mit Schädlingen in der kommenden Vegetationsperiode.
Einen Baumkratzer oder eine feine Drahtbürste oder etwas ähnliches mitnehmen und Eigelege, Kokons und Gespinste überwinternder Schädlinge entfernen. Zum Beispiel die Eigelege – meist in der Nähe von Knospen – der Apfelbaumgespinstmotte, des Schwammspinners oder des Ringelspinners oder die Kokons des Fruchtschalenwicklers (Apfel- und Pflaumenwickler). Mit dem Baumkratzer wird der Stamm von loser Borke befreit, um auch hier die Überwinterungsverstecke der Schädlinge zu entfernen. Anschließend sollte der Stamm mit einem Anstrich mit Kalk oder mit Arboflex versehen werden.
Zusätzlich zur mechanischen Schädlingsbekämpfung und zum normalen Pflegeschnitt der Obstbäume werden von Krankheiten befallenen Triebe bis in das gesunde Holz zurückgeschnitten. Alle Mumien und das Falllaub werden entfernt. So ist der Befalldruck im Frühjahr geringer; vor allem bei Fruchtfäule und Spitzendürre (Monilia) von Apfel und Kirsche, sowie bei der Schrotschusskrankheit, die Kirschen und anderes Steinobst heimsucht.
Wer von Apfelmehltau befallene Bäume hat, schneidet auch noch bis in den Laubbruch hinein – was beim Obstbaumschnitt sonst eigentlich unterbleiben sollte.
Bei der Walnuss, die normalerweise ungeschnitten bleibt, ist das Entfernen kranker Zweige, Früchte und von Falllaub die einzige nicht chemische Methode, der berüchtigten Marssonnia-Krankheit Herr zu werden.
Bei allen Schnittmaßnahmen im Zusammenhang mit Krankheiten am Obstbaum sollten die Wunden mit Wundverschluss versorgt werden. Bei Bedarf die Schnittwerkzeuge mit einer Lösung aus 50 % Wasser und 50 % Spiritus desinfizieren.
Pilze, Bakterien und Viren lassen sich bei Obstbäumen nur durch das Spritzen mehr oder weniger harmloser Präparate bekämpfen.
Immer sinnvoll ist als Vorsorgemaßnahme, beim Bezug von Obstbäumen standortgerechte und resistente (oder zumindest tolerante) Sorten zu wählen. Zudem sollte die Lebenskraft des Obstbaumes durch regelmäßigen Baumschnitt, ausgewogene und ausreichende Versorgung mit Nährstoffen sowie durch die Förderung von Nützlingen unterstützt werden.